Derrière chaque maladie chronique, il y a votre microbiote

On en parle partout, mais on le comprend mal. Le microbiote intestinal, ces milliards de bactéries qui peuplent notre ventre, est aujourd'hui au cœur de la recherche médicale. Immunité, poids, reflux, humeur, énergie : il influence tout. Le Dr Martine Cotinat, gastro-entérologue et spécialiste des maladies digestives, a consacré sa carrière à décrypter cet écosystème fascinant. Rencontre avec une pionnière qui a choisi de soigner autrement !

Comprendre : ce que font vraiment ces milliards de bactéries

Bien plus qu'une flore intestinale

Pendant longtemps, on l'appelait « la flore ». Un terme qui évoquait quelque chose de décoratif, de secondaire. La réalité est tout autre. Le microbiote intestinal est un écosystème vivant, peuplé de bactéries, de virus, de champignons et de parasites qui interagissent en permanence, entre eux et avec notre organisme.

Précision d'abord : le microbiote existe partout dans le corps, sur la peau, dans les poumons, dans le cerveau. Nous sommes littéralement habités. « Ça perturbait beaucoup les gens au départ », reconnaît le Dr Cotinat. « Être habité, ça faisait peur. » Mais parmi tous ces microbiotes, celui qui règne dans notre intestin est de loin le plus abondant et le plus déterminant pour notre santé.

Ce microbiote intestinal n'est pas passif. Il digère les fibres que nos enzymes ne peuvent pas traiter et en tire des molécules précieuses, dont le fameux butyrate, qui régulent l'inflammation et soutiennent l'immunité. Il fabrique des vitamines, produit des neurotransmetteurs qui influencent notre humeur, et constitue une véritable armée contre les agents pathogènes. « Si on n'a pas de microbiote intestinal en bonne santé, on ne peut pas avoir un système immunitaire en bonne santé », affirme le Dr Cotinat. Les deux systèmes sont profondément interdépendants.

Quand le microbiote se dérègle : le silence avant la tempête

C'est l'aspect le plus troublant : quand le microbiote va mal, il ne le dit pas toujours. La dégradation se fait dans « le plus grand des silences ». Pourtant, derrière ce silence, quelque chose de grave se met en place.

Quand les bactéries protectrices s'appauvrissent, faute de fibres, d'une alimentation trop transformée, de stress chronique ou de manque de sommeil, d'autres bactéries prennent le dessus. La paroi intestinale devient perméable. Des molécules bactériennes qui n'auraient jamais dû traverser cette barrière se retrouvent dans la circulation générale, entretenant un état inflammatoire chronique de bas grade, invisible, indolore, mais dévastateur sur le long terme.

C'est cette inflammation silencieuse qui est au cœur de presque toutes les maladies chroniques. Diabète, obésité, maladies auto-immunes, polyarthrite, troubles thyroïdiens, dépression, cancers, dans toutes ces pathologies, on retrouve un microbiote déséquilibré. « Est-il la cause principale ou co-acteur d'autres facteurs ? Probablement les deux », nuance le Dr Cotinat. Mais sa place est indéniable.

Ce qui aggrave le tableau : la vitesse à laquelle le déséquilibre s'installe. Des études ont montré qu'il suffit de deux à trois jours de mauvaise alimentation pour perturber significativement son microbiote. Deux ou trois jours. Et la reconstruction prend bien plus de temps, particulièrement après une cure d'antibiotiques.

Agir : ce qui détruit votre microbiote et ce qui le nourrit

Ce qu'il faut réduire sans tarder

Le Dr Cotinat est directe : notre mode de vie moderne est largement inadapté aux besoins du microbiote. En tête des perturbateurs : les aliments ultra-transformés. « C'est une catastrophe », dit-elle sans ambages. Trop de graisses saturées, trop de sucre, trop de sel, trop d'additifs, ces produits nourrissent les mauvaises bactéries, appauvrissent la biodiversité du microbiote et alimentent l'inflammation. Le problème, c'est que beaucoup de gens ne réalisent même plus qu'ils en consomment. Ils font partie du décor.

S'ajoutent à cela les cuissons à haute température, barbecue, friture, qui dégagent des molécules toxiques, l'eau du robinet chlorée qui agit comme un désinfectant non sélectif, la sédentarité, le manque de sommeil et le stress chronique. Ce dernier mérite une attention particulière : son effet est bidirectionnel. Un stress chronique déséquilibre le microbiote, et un microbiote déséquilibré rend plus vulnérable au stress. Les deux se nourrissent mutuellement.

Ce dont votre microbiote a vraiment besoin

Les leviers pour nourrir un microbiote sain sont simples et accessibles. Ils demandent surtout de comprendre pourquoi on les adopte, c'est la compréhension qui permet la durée.

Les fibres, avant tout. C'est la nourriture première du microbiote. Sans fibres, les bactéries protectrices s'étiolent. On les trouve dans les légumes, les fruits, les légumineuses, les céréales complètes et les oléagineux. Attention toutefois à augmenter progressivement leur dose : un intestin non habitué peut réagir par des ballonnements.

Les bonnes graisses. Les oméga-3, huile de colza, huile de cameline, poissons gras, noix, sont anti-inflammatoires. L'huile d'olive complète utilement ce tableau. À l'inverse, les graisses saturées en excès et les graisses trans des viennoiseries industrielles sont clairement délétères.

Le mouvement et la nature. Des études ont montré que le contact avec le monde végétal et la terre enrichit et diversifie le microbiote. Trente à quarante-cinq minutes de marche régulière en extérieur suffisent à produire des effets mesurables. Le yoga, la méditation, le Tai Chi agissent également sur l'axe intestin-cerveau via le nerf vague, avec des résultats concrets sur l'équilibre digestif.

Aller plus loin : probiotiques, aliments fermentés et reflux

Probiotiques : utiles, mais pas miraculeux

Le marché des probiotiques a explosé. Gélules, poudres, boissons enrichies, les rayons des pharmacies en regorgent. Qu'en penser réellement ?

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants, principalement des lactobacilles et des bifidobactéries, que l'on ingère pour renforcer le microbiote. Ils ne s'implantent pas de façon permanente dans l'intestin : ils transitent, et c'est pendant ce transit qu'ils travaillent. Ils fabriquent des vitamines, produisent des substances antimicrobiennes, soutiennent la barrière intestinale et dialoguent avec le système immunitaire. Leurs effets sont réels, documentés, mais ils ne remplacent pas une hygiène de vie corrigée. Ce sont, comme le dit le Dr Cotinat, « une petite canne » : une aide, pas une solution.

Dans sa pratique, environ 75 à 80 % des patients en tiraient un bénéfice notable. Mais ce n'est pas universel : certaines personnes, notamment celles souffrant d'un intestin hypersensible, voient leurs symptômes s'aggraver, plus de gaz, plus de ballonnements. Signe que leur microbiote est trop fragilisé pour accueillir un apport massif de bactéries, même bénéfiques. Dans ce cas, mieux vaut d'abord traiter l'intestin irritable avant d'introduire des probiotiques.

La science évolue également vers des probiotiques de nouvelle génération, plus ciblés : des bactéries spécifiques comme Faecalibacterium prausnitzii ou Akkermansia muciniphila, dont les effets sur certaines pathologies inflammatoires sont aujourd'hui activement étudiés. Une révolution en cours, qui promet des approches bien plus personnalisées.

Une des indications la plus documentée aujourd'hui : les cures d'antibiotiques. « Dès que vous prenez des antibiotiques, prenez des probiotiques. Ça a été bien démontré », insiste le Dr Cotinat. Les antibiotiques font le ménage sans discrimination, ils éliminent les bonnes bactéries avec les mauvaises. Les probiotiques aident à limiter les dégâts et à accélérer la reconstruction d’un microbiote équilibré. Une habitude simple, peu coûteuse, et dont les bénéfices sont désormais largement reconnus par la communauté médicale.

Les aliments fermentés : la médecine de nos grands-mères

C'est le conseil le plus concret et le plus sous-estimé du Dr Cotinat : intégrer des aliments lactofermentés dans son alimentation quotidienne. Une pratique millénaire que la modernité a progressivement effacée, et dont les bénéfices pour le microbiote dépassent de loin ceux d'une gélule de probiotiques standard.

Un aliment lactofermenté est transformé non par la chaleur, mais par des bactéries lactiques qui prolifèrent naturellement dans un environnement privé d'air et légèrement salé. Une cuillère à soupe de chou lactofermenté contient des quantités de bactéries bien supérieures à celles d'une gélule classique.

La recette est à la portée de tout le monde, et c'est là toute sa magie. On choisit son légume : un chou, un poireau, une betterave, une carotte. On l'émince finement, on le pèse, on ajoute 1 % de son poids en sel. On malaxe, on laisse reposer une heure, le temps que le légume rende son eau et s'attendrisse. Puis on tasse bien dans un bocal hermétique, le plus serré possible, jusqu'à deux centimètres du bord. On ferme. On pose sur une petite assiette. Et on attend.

Dès le lendemain, quelque chose se passe. De petites bulles apparaissent, un léger suintement parfois. La vie s'installe dans le bocal. Au bout de quinze à vingt jours à température ambiante, l'aliment est prêt, acidulé, parfumé, avec une saveur qu'on ne peut pas tout à fait anticiper. Les bactéries ont fait leur travail en silence, transformant un légume brut en quelque chose de vivant , complexe et savoureux.

On commence par une cuillère à café par jour, le temps que l'intestin s'habitue. Puis on augmente jusqu’à 1 à 2 cuillères à soupe par jour, on varie les légumes, on joue avec les épices, coriandre, ail, oignon. Le bocal ouvert se conserve deux mois au réfrigérateur. Un aliment vivant, fait maison, infiniment moins cher qu'une boîte de probiotiques, et bien plus puissant.

Reflux : trois heures peuvent tout changer

Le reflux gastro-œsophagien touche des millions de personnes, souvent traitées par des médicaments inhibiteurs de l'acidité pendant des années. Le Dr Cotinat invite à reconsidérer cette approche. « Bloquer l'acidité, c'est perturber l'équilibre de tous les microbiotes digestifs. Cette attitude est compatible pour un traitement d'urgence, mais sûrement pas au long cours si on peut faire autrement car elle améliore le symptôme sans traiter les véritables causes. »

Le reflux nocturne, le plus toxique, répond particulièrement bien à une modification simple du dîner : manger tôt, au moins trois heures avant de se coucher, mastiquer longuement, choisir des légumes cuits vapeur, un peu de poisson, de bonnes huiles. Supprimer le pain, le fromage, le sucre et l'alcool le soir. Et boire peu pendant le repas, l'excès de liquide dilue les enzymes digestives et favorise le reflux. « C'est la pathologie la plus facile à soigner naturellement », confie le Dr Cotinat. « On a des résultats en quelques jours. »

Le message du Dr Cotinat est à la fois simple et exigeant : « Prendre soin de son microbiote, c'est prendre soin de toute son hygiène de vie. Il ne s’agit pas de traiter un symptôme isolé pour le masquer, mais d’envisager l’organisme dans sa globalité pour agir à la source. Pour réussir le changement, il faut comprendre l’origine de ses maux et vouloir se faire du bien tout en se régalant. J’ai créé mes livres dans ces objectifs. » La science du microbiote est encore jeune, mais ce que l’on sait déjà suffit à amorcer de véritables changements pour sa santé. Il suffit de faire le premier pas.

Le Dr Martine Cotinat est gastro-entérologue, hépatologue et spécialiste des maladies digestives. Elle a développé une approche intégrative associant médecine conventionnelle, nutrition, phytothérapie, aromathérapie, hypnose et méditation. Elle est l'autrice de nombreux ouvrages dont Je rééquilibre mon microbiote, Soigner le reflux naturellement et La magie des aliments fermentés.