Le Pr Raoult nous alerte sur les maladies émergentes. Et si le problème, c'était nous ?

À force de vouloir désigner un responsable, on passe souvent à côté du problème : l’émergence d’un nouveau virus n’a rien de mystérieux. Il révèle simplement que nos modes de vie actuels (concentration de fortes densités humaines en ville, élevages industrialisés, déplacements rapides facilités…) favorisent la création et l’expansion des maladies. Ce fonctionnement révèle aussi que notre organisation sociale a tout d’un colosse aux pieds d’argile. Des proportions démesurées créent de grandes fragilités et un sérieux manque de souplesse et d’adaptabilité.

En enquêtant sur les “Cold cases de l’Histoire” grâce à la paléomicrobiologie, le professeur Raoult, aidé du professeur Michel Drancourt, retrace comment une épidémie peut naître et se diffuser à grande échelle, souvent favorisée, à l’insu de ses contemporains, par leur ignorance.

L’épidémie n’est pas un événement : c’est un contexte

L’idée qu’une maladie « tombe du ciel » est confortable. Elle nous maintient dans une forme d’innocence. Or les infections empruntent les routes que nous traçons. Le professeur Raoult rappelle une évidence historique : avant que les humains ne se concentrent dans les villes, il n’existait pas, ou très peu, de maladies strictement humaines. La spécialisation d’un microbe sur l’homme suppose une condition simple : suffisamment d’hôtes, suffisamment proches, suffisamment longtemps. Pour qu’un agent infectieux devienne « humain », il lui faut un monde humain dans lequel circuler.

La bascule se joue dans des gestes collectifs très matériels : entassement, promiscuité, circulation mais aussi gestion des rejets. La ville n’est pas qu’un lieu ; c’est une dynamique ! À partir d’une certaine densité, les microbes n’ont plus besoin d’inventer : ils se rencontrent, se transmettent, se sélectionnent. L’écosystème n’est pas un décor : c’est une mécanique d’opportunités. L’agent infectieux ne “veut” rien, il profite d’un écosystème. Et plus nous multiplions les interfaces (transports, chaînes logistiques, lieux clos, grands ensembles urbains) plus nous multiplions les occasions de sa prolifération.

Ce que l’on apprend auprès du professeur Raoult est déroutant. Pour lui, il est inutile de tenter de prédire, c’est peine perdue. Dans son précédent ouvrage “Homo chaoticus, Révolution dans l'évolution”, il montre combien l’homme moderne est le fruit du chaos. Il prend ainsi à revers la posture actuelle d’une société qui se pense déterminée et maîtresse de son destin.

Chercheur dans l’âme, il sait tout ce que la recherche doit au hasard : « Si on a une opinion pour commencer, on perd la capacité à regarder les choses ». Et souligne l’importance de la sérendipité, ce fait de faire une découverte inattendue et utile comme la pénicilline…

Premier enseignement tiré de son livre consacré aux cold cases de l’Histoire : la transmission de la peste ne s’explique pas par les rats, contrairement à une idée largement répandue. On sait qu’entre 1898 et 1918, Yersinia pestis, identifiée en 1894 par le médecin franco-suisse Alexandre Yersin, a causé près de 10 millions de décès dans le monde. Entre 1720 et 1722, la peste a également emporté près d’un habitant sur deux en Provence. D’après les recherches du professeur Raoult, la peste de Marseille ne peut être attribuée ni aux rats ni à leurs puces. « Je n’ai jamais cru que les rats et les puces de rats suffisaient à expliquer une épidémie qui tue 50% d’une population. C’est impossible. Il a fallu quinze ans pour démontrer qu’elle s’était propagée par les poux des vêtements, cela a été établi. »

L’histoire de la peste rappelle que la compréhension des épidémies progresse rarement par des certitudes immédiates, mais par l’examen patient de l’ensemble des conditions qui ont rendu leur propagation possible.

La planète domestiquée : une fabrique à microbes

À force d’industrialiser le vivant, nous avons créé un monde dense et homogène, idéal pour la sélection microbienne. Le professeur Raoult le formule de manière radicale : « 80 ou 90% des mammifères à la surface de la terre sont des animaux d’élevage » et « plus de 80% des oiseaux sont des volailles ». Ajoutez l’essor des poissons d’élevage, vous obtenez une continuité biologique faite de répétition, de flux et de promiscuité !

Biologiquement, le vivant se développe dans des contextes de forte densité. Ce qui vaut pour les villes humaines vaut aussi pour les « villes animales ». Dans ces configurations, la sélection n’a pas besoin de complot : elle a besoin de volume. Le microbe change parce qu’il ne sait pas faire autrement que faire des erreurs et, de temps en temps, une erreur « tombe bien » pour lui : plus de symptômes, meilleure adaptation, transmission accrue.

Cette domestication massive des animaux a des conséquences très concrètes, loin de tout sensationnel. Le professeur Didier Raoult prend l’exemple des bactéries multirésistantes aux antibiotiques et renverse l’accusation classique : elles ne viennent pas principalement des hôpitaux, dit-il, mais en grande partie des animaux d’élevage, notamment des poules et des porcs. Il détaille un cas frappant d’interface entre nos cuisines et la microbiologie : « jusqu’à 25 % des infections urinaires de toutes les femmes de France » seraient liées à un clone d’Escherichia coli d’origine aviaire, acquis en manipulant du poulet sans suffisamment d’hygiène. L’émergence, ici, n’a rien d’exotique : elle se fabrique dans des filières et dans des routines.

Ce constat met en lumière une dimension souvent négligée : la prévention n’est pas seulement l’affaire des vaccins et des laboratoires. C’est aussi une question d’échelle, de filières, d’intendance.

Standardiser le vivant, c’est standardiser les risques. Concentrer, c’est accélérer. Mondialiser, c’est relier des écologies qui ne se rencontraient pas. La nature ne juge pas : elle teste la solidité de nos organisations !

Aux origines des virus : une question de densité

Quand on parle de maladies émergentes, on imagine souvent un « saut » spectaculaire. Le professeur Didier Raoult ramène pourtant ce saut à une géographie très simple : les réservoirs sont d’abord des populations très nombreuses et très denses, notamment les chauves-souris et les muridés (rats, rongeurs). Pourquoi eux ? Parce que là où il y a foule, il y a frottement ; et là où il y a frottement, il y a recombinaison des virus.

Il donne une image parlante : « Dans une grotte, vous pouvez avoir deux millions de chauves-souris qui se frottent les unes aux autres, toutes porteuses de virus différents. Ces virus vont alors se recombiner pour en créer de nouveaux. » À ce niveau, il ne s’agit plus d’une exception, mais d’un fonctionnement continu. Une véritable usine biologique, qui n’a pas besoin d’un laboratoire humain pour produire de nouveaux virus.»

Dans la foulée, il met en garde contre la fascination pour les scénarios de virus « fabriqués ». Contrairement à ce que laisse entendre la théorie d’un virus échappé d’un laboratoire chinois, il ne s’agit pas de renoncer à toute vigilance. Il rappelle simplement que l’on surestime largement notre capacité technique à fabriquer, à volonté, des virus plus virulents. Sa formule est directe : « Personne ne sait comment on rend un virus virulent. » Il souligne également la complexité de la transmissibilité : le SARS-1 s’est arrêté sans que l’on comprenne pleinement pourquoi. Autrement dit, la biologie réelle est bien moins linéaire que les récits que l’on construit !

Le spécialiste évoque enfin le rôle possible d’animaux intermédiaires. Entre un réservoir naturel et l’humain, il existe souvent une chaîne de transmission : marchés d’animaux, élevages, transport, manipulations. Dans l’entretien, il mentionne notamment les fouines, les visons ou encore les ratons laveurs dans le contexte des marchés d’animaux sauvages…

Élevages intensifs : quand l’humain fabrique ses propres variants

Ce qui inquiète le professeur Raoult, c’est le passage de la nature au système industriel. Il prend un exemple contemporain : les élevages de visons (de petits mammifères carnivores semi-aquatiques recherchés pour leur fourrure, particulièrement sensibles aux infections virales et susceptibles de jouer un rôle important dans leur circulation). Pour expliquer que, dès 2020, des pays ont observé une circulation de virus dans les élevages, des infections chez les gardiens, puis des transmissions aux proches et l’apparition de variants, au point que certains ont dû abattre des millions d’animaux. Il affirme avoir alerté sur ce point : côté français, l’émergence d’un mutant en Mayenne, l’existence d’un élevage entièrement infecté en Eure-et-Loir…

Ce qui importe ici, c’est la mécanique à l’œuvre. À partir d’un certain niveau de densité, un élevage cesse d’être un simple lieu de production pour devenir un amplificateur. Il ne s’agit pas d’une cause unique, mais d’un enchaînement : plus d’hôtes, plus de cycles de transmission, plus d’erreurs, et donc davantage de chances qu’un variant franchisse une nouvelle étape et se diffuse rapidement.

De la même manière, le professeur Raoult propose une hypothèse dérangeante sur la grippe. En utilisant des traces immunologiques sur des prélèvements dentaires, il explique qu’il ne retrouve aucune trace de grippe avant le XXᵉ siècle, avant la moitié de la Première Guerre mondiale. Sa piste : l’essor tardif de l’élevage intensif de poules, à la fin du XIXe siècle, rendu possible par les vitamines et l’élevage en hangars. Des densités de “centaines de milliers de poules” sur un espace réduit, des recombinaisons, puis des passages à l’humain, souvent via un autre intermédiaire, le porc. Là encore, la nature ne crée pas une menace de toutes pièces, elle tire parti d’une configuration existante.

“Plus c’est gros, plus c’est fragile” : l’épidémie comme crash-test des méga systèmes

Une formule revient comme un diagnostic organisationnel : « plus c’est gros, plus c’est fragile ». Le professeur Didier Raoult l’applique aussi bien aux hôpitaux qu’aux métropoles, ou plus largement aux organisations devenues trop vastes pour être pilotées avec précision. Dans ce cadre, les maladies émergentes agissent comme un véritable crash-test. Elles révèlent non seulement la vulnérabilité des corps, mais aussi celle des chaînes de décision.

Il suffit alors d’une rupture de transport, d’une pénurie de matériaux, d’un protocole contradictoire ou d’une communication défaillante pour que l’ensemble du système se grippe. L’émergence ne se limite plus au biologique. Elle devient logistique, politique, parfois même psychologique. Ce que les crises sanitaires mettent à l’épreuve, ce n’est pas l’héroïsme individuel, mais la capacité collective à encaisser les chocs.

Depuis des décennies, nos systèmes ont été optimisés pour la performance : vitesse, flux tendus, rendement maximal. Cette recherche d’efficacité s’est souvent faite au détriment de la souplesse, des marges de manœuvre, de la redondance ou de la diversité. Qu’il soit humain ou industriel, un écosystème supporte mal les organisations sans marge. Ce sont précisément ces structures tendues à l’extrême qui offrent les conditions idéales à une propagation rapide des crises.

Surveiller l’ écosystème

Si la nature essaie de nous dire quelque chose, ce n’est pas “ayez peur”, mais “regardez où vous mettez de la densité, ce que vous domestiquez, ce que vous connectez”.

L’objectif ici n’est pas de fantasmer le risque zéro ! Le professeur Raoult rappelle que « la proportion de ce qui nous est inconnu est énorme ». La politique sanitaire la plus solide est celle qui accepte cette inconnue et travaille sur les conditions, plutôt que de promettre une maîtrise totale.

Concrètement, cela ressemble à une hygiène d’écosystème. D’abord, la vigilance sur les densités d’élevage : moins de concentration, plus de variété, des contrôles indépendants et une transparence réelle sur les foyers. Pas pour désigner un bouc émissaire, mais parce que l’amplification naît là où le vivant est massé.

Ensuite, la gestion des interfaces : marchés d’animaux, transports, lieux clos, chaîne du froid, gestes du quotidien. La prévention passe par des routines humbles : lavage des mains après manipulation de viande crue, séparation des ustensiles, cuisson, ventilation. Rien de spectaculaire, mais un principe simple : réduire les occasions de la contamination.

Enfin, le professeur Raoult souligne que notre culture scientifique gagnerait à accepter la complexité et le doute. Il insiste sur un travers moderne : la connaissance qui “s’arrête” à la sortie des études. Faute de formation continue et indépendante, les scientifiques figent leurs certitudes en slogans et en dogmes qui, souvent, s’opposent dos à dos. Or, face à l’émergence des nouvelles maladies, la rigidité intellectuelle devient un facteur de risque majeur et collectif : elle nourrit les récits simplistes, polarise et retarde d’autant les corrections de trajectoire.

Les maladies émergentes ne sont pas un châtiment. Elles sont un signal. Elles indiquent que ce que l’humain a gagné en puissance, il l’a parfois perdu en finesse : en diversité, en modularité, en capacité d’adaptation. La nature n’argumente pas, elle démontre. Et ce qu’elle démontre, à chaque nouvelle épidémie, c’est une évidence rude : l’écosystème finit toujours par parler, même quand on ne veut plus l’écouter !

Didier Raoult : Microbiologiste, médecin et chercheur, Didier Raoult est connu pour ses travaux sur les maladies infectieuses et pour ses recherches qui croisent microbiologie, histoire et génétique. Dans l’entretien, il revient sur des méthodes d’identification de pathogènes à partir de tissus anciens (pulpe dentaire, tartre) et sur son approche des “cold cases” de l’histoire, co-écrits avec Michel Drancourt.